COST Action CA18131 Statistical and machine learning techniques in human microbiome studies

Akronim: ML4Microbiome

Period implementacije: 22/02/2019 - 21/02/2023

GA broj: CA18131 

Tip projekta: COST

Internet prezentacija: https://www.ml4microbiome.eu/

cost

Cilj projekta: Ovaj projekat je usmeren na poboljšanje razumevanja ljudskih mikrobiom podataka korišćenjem statističkih i tehnika mašinskog učenja i poboljšanju kolaboracije između naučnika u ovoj oblasti.

 

O projektu: Poslednjih godina istraživanja mikrobioma su se intenzivirala i došlo se do saznanja da mikrobiom ima ključnu ulogu u razumevanju mnogih bolesti poput inflamatorne bolesti creva, dijabetesa, ciroze jetre i takođe se povezuje sa depresijom, autizmom i neurodegenerativnim bolestima. Otkrivanje povezanosti između mikrobioma i fenotipskih osobina usmerava dalja istraživanja ka izučavanju uzročnosti i mogućnosti primene u dijagnostičke, prognostičke i terapeutske svrhe.
Mikrobiom podaci su kompleksni, varijabilni i podložni šumu, što implicira upotrebu nestandardnih analitičkih metoda radi iskorišćenja njihovog punog potencijala. Iako je dostupan veliki broj statističkih metoda i metoda mašinskog učenja (ML), njihova neoptimalna implementacija i visok stepen poklapanja sa trenutnim podacima najčešće dovode do grešaka i problematičnih rezultata, a sve zbog manjka analitičke prakse i ML ekspertize u mikrobiom zajednici.

 

Stoga, mreža stvorena kroz ovaj COST projekat će podstaći simbiozu između istraživača pretežno orijetisanih ka novim otkrićima na polju mikrobioma i ML eksperata za podatke kroz redovne sastanke, radionice i trening kurseve. Zajedničkim snagama, prvo će biti optimizovano a zatim i standardizovano korišćenje pomenutih tehnika, praćeno kreiranjem javno dostupnih referentnih skupova podataka. Pravilan pristup će obezbediti bolju identifikaciju prediktivnih i diskriminatornih šablona unutar podataka, povećaće mogućnost ponavljanja studije i obezbediti bolji tehnički uvid u moguće uzroke i doprinose mikrobioma.
Ovaj projekat će, takođe, ispitati mogućnosti automatizacije i definisanje prioritetnih područja za najnoviji razvoj ML/statističkih metoda koje ciljaju mikrobiom podate. Na taj način se otvaraju uzbudljive i nove mogućnosti i konekcije između ML/statistike sa jedne strane i istraživanja mikrobioma sa druge.

Centri:

proba 2

CIT